Høsten 2012 opprettholdt EFTA-domstolen ESAs vedtak om at statsstøtte til Hurtigruten var uforenlig med EØS-avtalen.
Utgangspunktet for vedtaket var en tilleggsavtale som ble inngått mellom staten og Hurtigruten i 2008 etter at det ble klart at Hurtigruten var i økonomiske problemer.
Avtalen innebar at Hurtigruten blant annet fikk tilbakebetalt en stor del av NOx-utgiften for 2007 og rederiets bidrag til NOx-fondet fra 2008. I tillegg ble det gitt en generell godtgjørelse på 66 millioner kroner fra 2008. Dessuten fikk Hurtigruten ta ett av 11 skip ut av drift i vintersesongen uten reduksjon i godtgjørelsen fra staten.
Saken dreide seg om en kompensasjonsøkning på vel 181 millioner kroner.
ESA konkluderte i 2011 med at avtalen inneholdt ulovlig statsstøtte, og Hurtigruten ble pålagt å tilbakebetale pengene.
